Matrix kerfið er gallað, og einhver x prósenta af fólki sem nær ekki að “adaptast” því og gerir sér grein fyrir (hvort sem það veit það sjálft eða ekki) að heimurinn sem það býr í er ekki “raunverulegur” og þar af leiðandi er því fólki “hent” í þennan second-level Matrix sem Zion er. (Arkítektinn segir þetta í ræðu sinni við Neo, þó hann segi ekki að Zion sé second-level-matrix) Vélarnar búa síðan til hóp forrita .. Agent'ana, lyklasmiðinn og véfréttina; og búa til sögusögnina um “spádóminn”...