Eitt sinn þegar barnungur skæruliði í liði hans hnuplaði sér til matar var hann umsvifalaust tekinn af lífi.

Che Guevara framkvæmdi sjálfur fyrstu aftökuna á uppljóstrara, smábóndanum Eutimio Guerra.2 Hann segir sjálfur frá:

„Ég leysti vandamálið með því að skjóta hann með .32 skammbyssu í hægri hlið heilans, þannig að kúlan fór út um hægra gagnaugað. Hann tók andköf í skamma stund og drapst. Þegar ég reyndi að fjarlægja eigur hans gat ég ekki tekið úr, sem var bundið með keðju við beltið hans. Hann sagði við mig, stöðugri og óttalausri röddu; “Rífðu það af drengur, hvaða máli skiptir þetta?”. Ég gerði það og eigur hans voru núna mínar.“

Þegar skæruliðarnir tóku völdin hófust aftökur á stuðningsmönnum Batista. Þessar aftökur voru án dóms og laga, menn voru leiddir fyrir aftökusveit, oft keflaðir og bundnir.

Kúbanski blaðamaðurinn Luis Ortega (en hann þekkti Che allt frá 1954) segir í bók sinni „Yo Soy El Che!“ að Che hafi sjálfur fyrirskipað aftöku 1.897 manns.

Che Guevara kom á fót fyrstu þrælabúðum Castro-stjórnarinnar, Guanahacabibes. Þangað voru sendir andófsmenn, samkynhneigðir og síðar alnæmissjúklingar. „Til Guanahacabibes sendum við þá sem ættu ekki að fara í fangelsi, fólk sem hefur framið glæpi gegn byltingarlegu siðgæði.