Í byrjun 11. aldar fór Japan sínar eigin leiðir. Eftir að Kínversk mennigaráhrif höfðu borist þangað en á grunndvelli þeirra mynduðu japanir sína eigin menningu. Til urðu bókmenntir og listaverk sem síðari kynnslóðir urðu stolt af. Á þessum tíma ríkti mikill ókyrrð í samfélaginu og voru hirrðaðallinn að missa stjórnina í landinu.Í öðru lagi tók Búddadómur nýja stefnu og til varð fjöldahreyfing sem fullnægði trúarþörf allra stétta. Hvort tveggja stuðlaði af sérjapanskri mennigarþróun, þar sem kínversk menning var löguð að þörfum landsmanna, en var ekki lengur eingöngu eftirlíking.Þegar lénsskipulagið komst til valda varð gjörbreyting í Japan til valdadreifingar hjá stórbændaríkisins. Búddaklaustur og helstu aðalsættir náðu stórjörðum sínum undan lögsögu og skattlagningu keisarans. Því var betra fyrir sveitaaðalinn að koma jörðum sínum undir eignarétt hirðals og skatta sáu bændur sér í hag í því á þessum tímum að gerast leiguliðar skattfrálsra stórjarðeiganda.
Þannig komst á eignaskipti sem nálgaðist lénsskiðulagið. Sveitaaðallin naut sérstækra réttinda og var rekstur jarðanna fjárhagslega í höndum hans,auk stjórnsýslu og rættargæslu. Til hans runnu umframburðir bænda sem að öðru leyti nutu öruggs eignahalds á jarðeignum sínum. Hluti umframafurða rann síðan til hirðaðalds og klaustra og endurgjaldu fyrir skattfríðindin. Keisarafjölskyldan hafði nú alveg eins og hirðaðallinn allmiklar tekjur af stórum jarðeignum sínum sér til viðurværis, ekki af skatttekjum.
Miðstjórnarvaldið hafði þá ekki tök á því að halda uppi lögum og reglum á einstökum svæðum. Þannig að aðalsmenn komu á fætur vopnuðum sveitum í því skyni að verja eigur sínar og halda uppi stjórn. Víða mynduðu þeir bandalög til að vernda sameiginlegan hagsmuni. Mynduðust því herstétt í sveitum, riddarastétt héraðstétt héraðshöfðingja og vildarmenn þeirra, samúraja. Þessi hernaðastétt varð helsta afl í japönkum stjórnmálum á 12. Öld og kom á stjórn skipan sem var miklu líkari lénsskipuninni í vestur-Evrópu en hinu miðstýrða ríkiskerfi embættisvaldsins í kína.
Um miðjan 12.öld stóðu tvö riddarabandalög hvort gegn öðru. Ættir tvær,Tair og Minamoto, og gerðu þær báðar tilkall til keisarveldis. Taira fór með sigur af hólmi eftir erfiða átök árið 1160 og tók þá við raunverulegum völdum við hirðina í Heian. Þeir Minamoto-menn sem eftir söfnuðust saman við Tokýó nútímans. Á árunum 1180-1185 stóð yfir blóðugir bardagar, en þeim lauk að minomoto-menn gjörsigruðu Taira-veldið og frá 1189 var landið allt undir hervaldi þeirra. Leiðtogi minomoto-menn var Minmoto Yoritomo (1147-99). Hann settist að í Kamakura , litla sjávarþorpið í kanto-héraði, suðvestur af Tokýó. Yoritomo tók sér nafnið shogun ( yfirhershöfðingi ) árið 1192 og var nafnbótið viðkennt af keisaranum. Þessi nafnbót var formlega viðurkennt á því að hann skyldi fara með æðstu stjórn keisarahersins, en þar sem hann hafði vald yfir hernum komst hann nú til valda í Japan seinna. Shoguninn hafði á sínum vegum tvö þúsund lénsmenn og ræðu þeir yfir meirhluta jarðeigna.
Vopnfimi skipti öllu máli á þessum tíma – á hestbaki með boga,einkum með löngu eða stuttu bjúgsverði. Á Kamakura –tímanum þróaðist í Japan sverðsdýrkun. Helstu og bestu stríðsmennirnir voru óhræddir við dauðan og sýndu herrum sínum óskipta hollustu. Áhugi á hernaði ól af sér bókmenntir gjörólíkar dagbókum hirðmeyja og skáldsögum. Þar eru hetjusögur sem fjalla einkum um söguleg átök milli Taira og minamoto.
Stríðsmenn sóttust í andlega og trúalegran styrk í trúabrögðum sem nefnist Zen-fræðinn. Hún gerði þeim kleift að berjast við andstæðinganna án þess að hræðast óvinnin og sigrast á við hræðast dauðan.
Á 14.öld.- 15.öld var mikið um bænda uppreisnir og voru það helst bændur af samuriættum. Það var oft stofnuð bandalög gegn hinum nýja valdahafa ef þeim fannst hann ganga of langt. 14.öld geymir mörg dæmi þess að bandalög hafi náð árangri í andófi gegn shogunum eða fógeta þeirra. Víkingar á þessum tíma voru ekki vinnsælir þegar þeirr gátu ekki verslað því að þegar þeirr gátu ekki verslað við aðra þá rændu þeir og stálu öllu sem hægt var að finna.
Ashikagatímabilið var tími verslunar og bókmennta. Verslað var við Kína og Kóreu. Hongwu Kínakeisari vildi rækta vinasamband við japani svo þeir gætu átt við þá verslunar ferðir. En það voru ekki allir sammála því að láta að gera vinasamband við kínverja. Það voru sjóræningjarnir því að einungis Kína og Japan gat útrýmt sjóræningjum í sameiningu. Svo að sjóræningjarnir dulbúðu sig sem sendiherrar Japan og móðguðu kínverska keisaran. Keisarinn sendi opinbera sendimenn “ Þér heimskulegu, austrænu siðleysingjar, sem búið í fjarlægu landi og handan hafa . . . Þér eruð montnir og óhlýðnir. Þér heimilið þegnum yðar að vinna tjón, “ segir í bréfi frá kínakeisara til shogunsins frá 1380. Japanir svöruðu tveimur árum síðar. “Himmin og jörð eru víðáttumikil og lúta engum drottnara. Heimurinn er eign allra, en lýtur ekki einstaklingi.” Þetta svar hlýtur að hafa vakið undrun og reiði við kínversku hirðina og hefur ekki bætt samskiptinn. En það tókst einun manni að styrkja tengslin við Kína, enda var hann traustur í sessi. Yoshimitsu shogun varð fyrstur til að sýna áhugan. Forustumenn Búddamunka hvöttu Yoshimitsu til að taka upp nánar samband við kínverja og töldu ætíð slíkt samband vera nauðsynlegt. Búddhadómur hafði borist til Japan frá kína. Shoguninn hefur örugglega gert sér grein fyrir því að viðskipti við Kína hafði komið sér vel fyrir landið efnahagslega. Til að tryggja sambandið gaf shoguninn keisaranum stórfenglegar gjafir.Helsta útflutningsvara Japana voru japönsku sverðinn, lakkmunir, hestar og brennistein til púðurframleiðslu. Um miðbik 15. aldar dró áhuga Japana á verslu við Kína.
Skáldskapur og leiklist minnkaði en blómstraði margir fóru að þróa ljóðin sínn úr tanka í önnur form á ljóðum. Skrúfgarðar í Japan náðu fullkomnuni sinn um 1500 og urðu frægir hjá Aðals fólki eða klerkum.
Samúrajar komu fram á 10.öld og voru þetta verðir keisarahöllinni í kyoto. Samúrajar voru sérstök tegund hermanna og í upphafi töldust þeir allir til aðalsmanna. Staðan gekk í erfðir og það var afar erfitt fyrir utanaðkomandi að komast inn í raðir þeirraog fá þennan virðingartitil, hvort heldur var með mægðum eða öðrum tengslum.
Samúrajar voru málaliðar,launaðir hermenn, og börðust fyrir ríksstjórnina við að bæla niður uppreisnir t.d bænda uppreisnir. Með tímanum varð þó breyting á þessari tilhögun. Samúræjarnir hurfu smá saman úr þjónustu við ríkisstjórnina og herinn og gengu á mála hjá landeigendum, sem yfirleitt voru af aðalsættum.Landaeignir þeirra voru langt frá höfuðborinni Kyoto og þeir voru lausir afskipta keisarans og hans manna. Landeigendur þessir áttu í höggi við aðra landeigendur, frumbyggja og alls kyns glæpagengi.
Það er svo á 12.öld sem samúrajar gera sér grein fyrir hernaðarlegu afli sínu og fara þeir að skipta sér æ meira að stjórnmálum.