Á árum síðari heimsstyrjaldarinnar 1939 til 1945 varð Eimskipafélagið fyrir miklum skipssköðum; tveimur skipum félagsins, Goðafossi (II) og Dettifossi, og fjórum leiguskipum, var sökkt. Stöðug óvissa var um siglingarnar og sífelldur órói á vinnumarkaðnum setti mark sitt á starfsemi félagsins.

Siglingar um Norður-Atlantshaf voru áhættusamar vegna kafbátahernaðar Þjóðverja og fjölda skipa var sökkt á þessum slóðum. Árið 1941 var þremur leiguskipum Eimskipafélagsins, Heklu, Sessu og Montana, grandað og fórust með þeim 16 Íslendingar. Árið eftir var enn einu leiguskipi félagsins, Balladier, sökkt á leið frá Bandaríkjunum til Íslands. Árið 1944 var Goðafossi sökkt rétt utan við landsteinana og létu 43 lífið, þar af 24 Íslendingar. Í ársbyrjun 1945 var Dettifoss skotinn í kaf norður af Írlandi og fórust með honum 15 Íslendingar. Gullfoss, flaggskip Eimskipafélagsins, lokaðist inni í Danmörku í byrjun stríðsins og kom aldrei aftur til Íslands.

Herverndarsamningurinn sem Íslendingar og Bandaríkjamenn gerðu með sér 1941 skuldbatt Bandaríkjastjórn til að sjá Íslandi fyrir nægum nauðsynjavörum og að tryggja siglingar til og frá landinu. Skipti þetta sköpum um afkomu Eimskipafélagsins á stríðsárunum.

Á árum síðari heimsstyrjaldar kom enn á ný glögglega í ljós hve mikla þýðingu það hefur fyrir efnahagslegt sjálfstæði eyþjóðar að ráða yfir eigin kaupskipaflota. Án skipa Eimskipafélagsins hefðu flutningar á nauðsynjavörum fyrir Íslendinga til og frá landinu algerlega verið háðir duttlungum erlendra hernaðaryfirvalda.