Árið 399 fyrir krist var Sókrates ákærður af ákveðnum stjórnmálamönnum fyrir guðlast og fyrir að spilla ungum mönnum. En það var meðal þess sem var gert til þess að koma ríkinu aftur á réttan kjöl þegar það hafði endurheimt lýðræði eftir fall Krítíasar.
Þeir sem fluttu ákæruna á hendur hans voru skáldið Meletos, ræðumaðurinn Lýkon og stjórnmálamaðurinn Anýtos sem var mikils ráðandi.
Oft á þessum tímum voru heimspekingar ákærðir til þess að hræða þá, svo stjórnmálamenn gætu sýnt hverjir réðu ríkjum á þeim tíma…

En það merkilega er að ákæran á hendur hans var dálítið persónuleg… Talið er að ákærendurnir hafi verið hræddir um það að hann gæti leitt í ljós að þeir væru ekki jafn vitrir og þeir þóttust vera.

Það má því kannski líkja þessum spilltu ákærendum við sófista ef þeir hafa ekki verið það í raun og veru. Þeir notuðu ákveðnar rökbrellur í réttarhöldunum til að koma Sókratesi í mjög leiðinlega stöðu, þar sem Sókrates studdist við sitt heimspekilega eðlisfar og spurði spurninga en svaraði þeim sjaldnast og var því erfitt fyrir hann að keppa við þennan mikla sannfæringarkraft sem að réttnefndar rökbrellur Sófistanna höfðu á dómarana.
Réttarhöldin í þessa dagana gengu þannig fyrir sig að dómararnir ákvaðu fyrst hvort ákærður væri sekur eða saklaus og svo stungu bæði ákærendur og sá ákærði upp á refsingu. Meletos var sá sem stakk upp á dauðarefsingu, og þá var komið að Sókratesi að stinga upp á hegningu.

Málsvörn Sókratesar – 37 (bls. 64 síðustu dagar)
„Eigi ég því réttlæti samkvæmt að stinga upp á þeirri hegningu, sem ég verðskulda, þá sting ég upp á því, að mér sé veitt viðurværi í Prýtaneion á ríksins kostnað.”

Þetta voru orð Sókratesar eftir þó mun lengri samræður, hann vildi snæða í Prýtaneion eins og velgerðamenn ríkisins gerðu, og sigurvegarar á Ólympíuleikunum. Honum fannst hann eiga það mun frekar skilið heldur en einhverjir reiðmenn í kappakstri.
Sem sagt, Sókratesi fannst hann ekki hafa gert rangt og gat þá ekki fundið hæfari hegningu en þessa, sem var í rauninni verðlaun en ekki refsing. Hann vildi ekki fara í fangelsi og hann átti engan pening til þess að geta stungið upp á hærri sekt en eina mínu, en vinir hans, Platón, Kríton, Krítóbúlos og Apollódóros sögðu honum að stinga upp á þrjátíu mínum á þeirra ábyrgð, og það varð loks tillaga hans að hegningu.
Þrátt fyrir góða varnarræðu sína þá var Sókrates dæmdur til lífláts, sem hann framkvæmdi mótstöðulaust með því að drekka eitur úr bikar.

Sókratesi fannst réttara að framfylgja ósanngjörnum dóm sínum frekar en að lifa með það á samviskunni að hafa ekki framfylgt skipunum yfirvalda, en það hefði auðvitað strítt gegn mörgu sem hann lifði fyrir. En hann hefur litið á það sem eins konar hefnd fyrir þau mistök sem hann vissi að dómarar og ákærendur voru að gera, að einfaldlega framfylgja dóm sínum.
Þrátt fyrir ákvarðanatöku Sókratesar grétu lærisveinarnir dauða hans mikið, og þá sérstaklega Platón sem virkilega var þakklátur fyrir Sókrates og þeirra tíma saman.